无可否认的是朱元璋推行的权力整顿，带来了吏治清明的大好局面，权力监督也较以往到位。但是如何设置皇帝辅政机构的问题，始终没有得到有效地解决。作为开国之君，朱元璋只有无奈地把这个难题留给了自己的后世子孙，而在这期间官家权力结构经历了一个非常漫长的嬗变过程。
洪武三十一年（1398年），朱元璋带着遗憾离开了这个世界，按照他生前的安排，他的皇长孙朱允炆即位，是为建文帝。